在武装力量方面，昭宗也还是老思路：亲王典兵。
把禁军的兵权交到亲王手中，让皇族掌控禁军，作为皇帝亲自掌兵的一个重要过渡。
吸取了前几次的教训，昭宗这次没有直接对左、右神策军动手，而是选择了内部瓦解分化、体制内另起炉灶的办法。在左、右神策军的编制外，新设置安圣、保宁、宣化等营，并从禁军中精挑细选了数万人编入其中，然后命各位亲王担当其统帅。
这样一来，既避免了招募新兵的战斗力渣渣问题，又减弱了左、右神策军统领们的反抗情绪，两全其美。
在昭宗的授意下，延王李戒丕、覃王李嗣周又私下募兵数千人，扩充兵力。
昭宗每一次巩固皇权的动作，都会引起不希望皇权得到巩固的人的警觉和反弹，特别是在兵权上的动作。这一次，反弹最大的当然是凤翔李茂贞。
李茂贞做贼心虚，本来就是惊弓之鸟，对昭宗坚定而高效的军事动作相当敏感，认为昭宗是要对自己动手，于是先发制人，带兵“诣阙诉冤”。
李茂贞还有五秒到达战场！
京师大恐，百姓们纷纷逃进山谷躲藏。
于是昭宗命诸位亲王统领各军，在长安以西驻扎，严阵以待。同时向河东李克用发去信号，“李茂贞又来了！请速速勤王。”
李茂贞在娄馆（今陕西省兴平市西）与覃王李嗣周所部遭遇。亲王的部队仓促草创，根本没有形成战斗力，且诸亲王的军事指挥水平也难与李茂贞相较量。覃王李嗣周大败，李茂贞逼近京师。
延王李戒丕劝昭宗从鄜州东渡黄河，去投奔河东李克用。昭宗依计而行。
昭宗一行人逃出长安，刚刚渡过渭水，镇国韩建就派儿子韩从允携带奏章，觐见昭宗，建议昭宗移驾华州（镇国军总部）。
韩建也是“三镇犯阙”的元凶之一，不得昭宗信任，昭宗更愿意远赴河东太原府，于是婉拒了韩建的请求。
然而韩建并不死心，接连不断上疏挽留昭宗。昭宗身边的文武百官也对太原府的长途跋涉心存畏惧，纷纷表示不愿舍近求远，哪儿的黄土不埋人啊？留下吧。
于是昭宗命韩建前来觐见，讨论下一步行程。
韩建跪地叩头，哭道：“如今天下不太平，嚣张跋扈、心怀不臣的藩镇岂止李茂贞一个？我只怕陛下一旦渡过黄河，便再无回鸾之期。皇家宗庙祖坟均在此处，陛下更不宜远游。华州虽然兵微将寡，但我在此鼓励农耕、秣兵历马也有十几年之久，控制关辅一带不成问题，而且离长安只有不到二百里，希望陛下驾临蔽镇，以图兴复！”
昭宗这才带着文武百官，移驾华州。
李茂贞进入长安之后，下令纵火，把长安夷为平地。
中和三年（883），黄巢火烧长安城，超一半的房屋被焚毁（焚府寺民居什六七），次年“半日宰相”王徵粗加修葺，修复了不到十分之二（仅完一二）；光启元年（885）僖宗二次出逃时，长安又遭乱兵焚毁，那次是彻底摧毁（殆无孑遗）；次年王行瑜杀朱玫，“诸军焚掠京城”；去年（895）“三镇犯阙”，再次焚掠京师；如今（896），李茂贞再次火焚长安城，长安城里的宫殿、市场、民居“燔烧俱尽”。